Fakultas Kedokteran Universitas Riau saat ini menyelenggarakan, mengelola, dan mengembangkan Prodi Pendidikan Profesi Dokter pada tahap akademik dan dilanjutkan dengan tahap profesi yang menghasilkan lulusan sarjana kedokteran (S.Ked) dan menjadi dokter (dr). Berawal dari tahun 2006, FK UNRI telah menjadi institusi pendidikan kedokteran yang sudah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Tinggi (BAN-PT) dengan nilai akreditasi C. Berdasarkan hasil akreditasi tersebut, FK UR telah mengadakan berbagai perbaikan mutu, sarana dan prasarana pendidikan. Sehingga selanjutnya pada tahun 2011, FK UNRI kembali melaksanakan reakreditasi dan memperoleh akreditasi B. Pada tahun 2018, FK UNRI kembali melaksanakan reakreditasi melalui Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia (LAM-PTKes) dan berhasil memperoleh akreditasi A untuk Program Profesi Dokter dan Program Pendidikan Dokter yang kemudian disetarakan dengan akreditasi UNGGUL melalui surat keterangan penyetaraan akreditasi tertanggal 11 Juli 2022.

Pola kepemimpinan pada Prodi Pendidikan Profesi Dokter FK UNRI dilaksanakan melalui kepemimpinan operasional dan kepemimpinan organisasi di samping juga dilaksanakan kepemimpinan publik. Sistem tata pamong di FK UNRI telah berjalan efektif. Hal ini tercermin dari adanya struktur organisasi disertai tugas pokok dan fungsi yang jelas serta pelaksanaan monitoring evaluasi internal maupun eksternal yang dinilai efektif. Tata pamong FK UR mengacu pada STATUTA UNRI 2003 dan PP No. 60 tahun 1999, yang terdiri dari unsur pimpinan, yaitu: Dekan dan Pembantu Dekan, Senat Fakultas, Koordinator Prodi, serta unsur pelaksana akademik, yaitu: Bagian-bagian, Unit Penunjang, Laboratorium, Kelompok Dosen, dan unsur pelaksana administratif. Sebagai pimpinan tertinggi, tanggung jawab FK UNRI dipegang oleh Dekan yang bertanggung jawab kepada Rektor, dan dalam menjalankan tugasnya dibantu oleh Wakil Dekan Bidang Akademik (BAK), Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum dan Keuangan (BUK) dan Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan, Kerja sama dan Alumni (BMKSA).

Mengacu pada visi, misi, sasaran dan tujuan pendidikan FK UNRI, maka pada kurikulum tahap akademik dimuat blok-blok yang relevan/sesuai, antara lain blok statistik dan metodologi penelitian, yang akan mendukung aktivitas riset mahasiswa. Pada materi blok sistem juga sudah dimasukkan kasus-kasus klinis spesifik untuk wilayah pesisir dan perbatasan. Selanjutnya, secara khusus terdapat muatan lokal, yaitu berisi pembelajaran tentang permasalahan kesehatan yang berkaitan dengan lingkungan pekerjaan, lingkungan fisik dan sosial, serta lingkungan perairan dan sesuai karakteristik Provinsi Riau yang berada di wilayah pesisir dan perbatasan. Lebih jauh lagi blok ini juga akan berbicara mengenai proses penegakan diagnosis penyakit yang berkaitan dengan lingkungan, daerah pesisir dan perbatasan serta pengelolaannya secara manajerial.